太神奇了，NCBI序列批量下载小技巧

我们在做系统发育或生信分析的时候，经常会使用数据库的序列作为参考。

下载单条序列简单不过，无非就是打开NCBI主页，选择数据库后输入AC号或GI号后直接下载。

但是如何大批量下载呢？实现这一目的通常办法是借助一些生物软件的检索功能，诸如：Bioedit、Geneious、MacVector等，但是这些软件的下载和学习有时也会花费很多时间。其实，NCBI自带的一些小工具即可轻松完成这一任务。

NCBI中序列批量下载方法1

    该方法适用于已知序列号且最好是序列号连续的大量FASTA格式序列下载,具体步骤如下:

1.登陆NCBI主页,下拉菜单中选择"Nucleotide"；

2.如若想获得序列号为“FJ552695到FJ552699”的所有序列，那么只需要在检索框中输入“FJ552695:FJ552699 [ACCN]”
后搜索；就会得到这两个序列之间的所有序列，如下图：

3.后点击右上角“Send to:”旁边的下拉菜单，选择“File”,然后Format选择选择"FASTA", Sort by选择"Accession"后点击“Creat File”选择保存路径即可。

NCBI中序列批量下载方法2

根据http://www.plob.org/2014/06/06/8251.html博客：

【絮语】

下载序列简单不过，无非就是联网NCBI主页，选择数据库后输入AC号或GI号后直接下载。但是如何大批量下载，而且下载的序列是指定的AC或GI的呢？实现这一目的通常办法是借助一些生物软件的检索功能，诸如：Bioedit、Geneious、MacVector等。其实，NCBI自带的Batch Entrez 只需简单三步即可轻松完成这一任务。

【准备工作】

创建一个需要下载序列AC号的列表文件，每行一个独立的AC号，保存为文本文件：

【简要流程】

1. 打开网页，粘贴这个网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez?

2. 点击“浏览”按钮，选择事先准备带AC号的文本文件后，点击“Retrieve”开始检索，数秒后即可返回检索的序列记录；

3. 点击检索到的序列记录“Retrieve recordsfor 48 UID(s)”即可，后面就是“Send to” 保存要下载的序列，后面的操作就不在赘述，详见前面一些相关教程。

4. Good luck!